ที่มาของการก่อตั้งคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยสยาม  มหาวิทยาลัยสยามมีปรัชญาประจำมหาวิทยาลัยคือปัญญาเป็นรัตนะของนรชนอีกทั้งปรัชญาการให้บริการของมหาวิทยาลัยเอกชนนั้นถูกกำหนดไว้ว่าต้องเปิดหลักสูตรเฉพาะสาขาวิชาชีพที่ขาดแคลนจากปรัชญาดังกล่าว  กอปรกับเพื่อเป็นการตอบสนองนโยบายของรัฐบาลในเรื่องการรับรองมาตรฐานโรงพยาบาล (Hospital Accreditation) และการรับรองมาตรฐานคุณภาพร้านยา (Community Pharmacy Accreditation) การผลิตเภสัชกรเพื่อให้ได้เภสัชกรที่มีคุณภาพเพื่อทำงานในโรงพยาบาลหรือร้านยาตามโครงการร้านยาคุณภาพของสภาเภสัชกรรมและสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา กระทรวงสาธารณสุข  ทางมหาวิทยาลัยสยามจึงไ้ด้จัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์โดยมุ่งเน้นการสร้างเภสัชกรที่มีทักษะการปฏิบัติงานด้านบริบาลทางเภสัชกรรม  มีองค์ความรู้และทักษะในการสืบค้นปัญหาการใช้ยา การป้องกันการแก้ปัญหาที่เกิด หรืออาจเกิดจากการใช้ยาเพื่อให้ประชาชนมีการใช้ยาที่ถูกต้อง เหมาะสม มีประสิทธิภาพ ปลอดภัย  และมีคุณภาพชีวิตที่ดี